潜在癌变突变的快速功能表征的新平台

由Michael G. Lemieux

成千上万的突变涉及癌症。然而,其中大多数仍然保持不协调。这是进一步研究和开发对疾病的有效治疗的相当大的障碍。最近,肯尼斯斯科特的实验室在贝勒医学院和Gordon Mills的实验室在MD Anderson Cancer Center通过开发中等的产量功能基因组平台来解决可能在癌症发病机制中发挥显着作用的遗传扰动来解决这个问题。

他们的作品在超过1,000个突变的第一次功能表征中,而该组织有沉积几百个质粒从本研究与addgene。继续阅读以了解有关他们的工作的更多信息,以及这些质粒如何帮助癌症研究人员研究各种各样的基因。

使用患者数据来识别癌症中不明重要性的突变

以前可用的调查和功能验证在癌症进展中发挥作用的数千个突变的方法通常是耗时和昂贵的,特别是在完成时体内。当试图表征合并细胞群中的突变时,还存在敏感性问题,因为具有强大表型效应的突变可以掩盖较弱的突变。

因此,需要更快和更高吞吐量体外方法。使用来自的数据癌症基因组图集(TCGA)该研究小组对来自基因组学数据的癌症和来自MD和氏患者癌症中心患者数据库的大规模患者群组的遗传突变目录,以及来自MD和氏癌症中心患者数据库的大规模患者群体。它们鉴定的突变类型包括基因扩增和融合,畸形突变和诱导(NG等人。,2018年)。

从该数据中,它们使用高通量诱变和分子条形码(HITMMOB)技术生成了慢病毒构建体(Tsang等人。,2016年),产生具有定义突变或基因融合的单个基因的质粒集合。还构建携带相应的野生型基因的质粒。他们称该图书馆CTD2裂变质粒收集为“癌症中体细胞突变的功能注释”。在该系列中所代表的所有突变和融合中,大约80%(超过800)且尚未在功能上验证。

体外测定允许千次突变的第一次函数注释

先前未知意义突变的功能分类研究人员使用集合来筛选个人扰动体外使用BA / F3和MCF10A蜂窝模型。ba / f3和mcf10a是生长因子依赖性细胞系并且在没有生长因子的情况下将揭示赋予增殖优势的任何突变。该团队根据每个受影响的细胞活力(见图),将突变分配给功能组。与野生型对照相比,发现大多数突变是对细胞活力没有显着影响的“中性”。然而,约〜22%的突变显着增加了细胞活力,并且这些“活化剂”可以是肿瘤形成的直接驱动因素。能够解析“活跃”司机的“中性”乘客突变对于癌症的有针对性治疗干预的发展是重要的。

这种筛查平台是令人难以置信的癌症研究界的提升,但这些质粒有什么用吗?它们可用于更彻底地研究其他模型系统中的几十种野生型基因及其相关突变体。给定的突变可能在不同的系统中具有不同的表型效果。

这些质粒也可以帮助科学家了解给定的基因如何参与复杂的途径。癌症研究中一些最重视的基因,如PIK3CA(质粒116771:Phage-Pik3Ca)和egfr(质粒116731:噬菌体 - EGFR),在该系列中表示,以及数百个不太良好的候选人。可能性很大。

分享科学刚刚变得更容易...订阅博客


参考

NG,Patrick Kwok-Shing,等。“癌症中体细胞突变的系统功能注释。”癌细胞33.3(2018):450-462。PubMed.PMID:29533785pmed中央PMCID:PMC5926201

曾,耀莹,等。“胰腺癌罕见基因逆变司机的功能诠释。”自然通信7(2016):10500。PubMed.PMID:26806015.pmed中央PMCID:PMC4737758

addgene博客上的其他资源伟德体育中心

addgene.org的资源

话题:癌症19463331伟德体育 质粒

发表评论

分享科学刚刚变得更容易...订阅我们的博客

订阅