FPbase:一个新的社区可编辑荧光蛋白数据库

客人的博客

这篇文章由客座博主贡献哈佛医学院副研究员Talley Lambert说。

需要一个社区荧光蛋白数据库

荧光蛋白(FPs)已成为现代生物学研究中不可或缺的工具之一,并获得了2008年伟德2021足球欧洲杯买球平台诺贝尔奖的认可。任何显微镜学家都会告诉你,选择荧光探针(无论是有机染料还是FP)是设计成像实验最重要的步骤之一。这个选择并不简单,因为FPs是非常复杂的实体,具有广泛的特性(颜色、亮度、光稳定性、成熟、齐聚),其中许多特性受到环境条件的极大影响(如温度、pH值、融合蛋白等)。有许多在线指南-包括一个优秀的Joachim Goedhart的系列文章在Addgen伟德体育中心e博客上 - 概述选择FP时的各种重要考虑因素,但在制定这种决定时可能需要的大部分主要数据在引入这些工具的出版物中仍然存在于文献中。

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年前,库尔特刺(当时的UCSF)开始努力整理一些当前的“最佳”FPS,我与他在基于Web的交互式可视化的FP属性的互动可视化(转向www.fpvis.org.)。多年来,该页面一直非常有用,当研究人员来找我们有关选择蛋白质的建议时,我们经常将它们引导在那里作为起点。但是,有很多信息,其中一个人可能想存储比当前在FPVIS上表示的FPS(完整的光谱信息,加入号码,序列和谱系,烦恼效率、额外的引用等等)和一个更健壮的数据库结构是必需的。当更新依赖于单个人时,也很难扩展这样的资源。有成千上万的科学家经常使用和思考FPs,如果有一个集中的、社区可编辑的资源来存储和传播关于FPs的信息,那就太棒了。

FPBASE主页FPbase.org

FPbase是一个用Python和Django编写的项目,使用一个流行的数据库管理系统(PostgreSQL),它的目标是最终成为一个关于荧光蛋白信息的全面社区资源。伟德2021足球欧洲杯买球平台它的设计目的是鼓励用户贡献(使用简单的网页表格),同时保持一个相对严格的数据库设计(架构)。注册用户可以提交新的荧光蛋白,在丢失时向现有蛋白添加数据,或者在伟德2021足球欧洲杯买球平台发现它们时编辑不准确性(任何人都可以使用有效的电子邮件地址注册)。人们还可以简单地附加重要的参考文献,其用于进一步表征感兴趣的蛋白质(并且我们非常欣赏那些小贡献)。当然,没有社区可编辑的数据库没有不准确的数据提交的风险,因此FPBase包括一个版本控制系统,允许用户查看给定页面有未拨出的更改并查看以前的版本。目前,所有提交还需要DOI引用主要文献,并且每次努力都会在提交后尽快在发布文献中进行中等和交叉检查所有数据。

使用FPbase

FPBase最明显的用例是查找特定FP的信息;这可以直接使用搜索栏来完成主页(并且在所有页面的顶部)。但是,数据库的整个点是以更强大的方式浏览或搜索信息,以及高级搜索Page简化了构建高级多参数搜索查询的过程。寻找最近几年发布的发光的单体FP,其发射峰在600nm左右?只需输入这些参数,您就会找到匹配的FP建议。

在FPbase的高级查询生成器

如果您不确定您正在寻找的内容,那么荧光蛋白性质表提供数据库中所有蛋白质的主列表,以及交互荧光蛋白性质可视化允许FPS的视觉比较以及它们如何彼此相关。。除此之外FPBase荧光光谱观察者可用于在可用时进行比较激励和发射光谱,并将很快将特征滤波谱和收集效率计算。通过〜80 FP光谱(随着帮助!),我认为这代表了FP光谱的最大可用在线集合之一。

每个蛋白质都有一个页面,其中包含与该特定蛋白质有关的数据库中的所有信息(例如:EGFP)。用户可以“收藏”某些蛋白质,或创建定制蛋白质收集(例如您或您的实验室的一组FPS经常使用),以便进行比较或易于检索。这些集合页面可以保密,或公开共享(因此随时使用您选择的蛋白质核对您自己的FPVIS.ORG版本!),并且可以以JSON或CSV格式下载以快速检索所有信息在与该组蛋白有关的数据库中。对于计算机保护的用户,希望在自己的项目和应用程序中包含FPBase数据,aREST API允许程序检索数据库中的大多数信息。

计划未来发展FPBase

FPBase在开发的早期阶段仍然非常多,并且有足够的改进和阐述空间。目前的项目包括掺入生物传感器,蛋白质演化谱系,2-光子谱,更精细的频谱分析工具,以及更好的存储和代表方法within-study光博比较。我们非常欣赏反馈,所以试试网站和联系我们如果您有任何想法或要求。或者,如果您在Python中有经验,在github上分叉项目并提交pull request。


非常感谢我们的客座博主Talley Lambert!

塔利·兰伯特Talley Lambert是哈佛医学院的研究员。他管理细胞生物学显微设备,专门从事高级光学显微镜。在twitter或github上关注他@tlambert03

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