热质粒和病毒制备 - 5月2021年

通过各种Addgenies

每隔几个月,我们通过我们突出了存储库中的新质粒和病毒准备的子集热质粒物品。这些文章提供了近期质粒沉积物的简要摘要,我们希望他们能让您更容易地找到并使用所需的质粒。

这是你在这篇文章中找到的内容:


通过突变扫描在SARS-COV-2中映射抗体逃逸

经过Seth Kasowitz.

随着基于多种基于抗体的疫苗,在世界各地部署到战斗严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2),病毒可能会获得突变以逃避这些治疗剂。Jesse Bloom的实验室在Fred Hutchinson癌症研究中心开发了一种汇集的质粒文库,包括病毒刺蛋白的受体结合结构域(RBD)的所有可能的氨基酸突变。

使用酵母显示文库的图书馆生成和测序抗体逃逸突变的映射
图1.(a)SARS-COV-2 RBD DMS库生成和排序。从Starr等人细胞。,2020。(b)用酵母显示文库映射抗体 - 逃逸突变。从Starr等人科学。,2021年

SARS-CoV-2通过与人血管紧张素转换酶2 (ACE2)细胞表面受体结合感染宿主细胞。与ACE2结合的棘突蛋白RBD是大多数抗sars - cov -2抗体的靶标。在文库中,每个质粒对突变的刺突蛋白和条形码进行编码,并设计成将SARS-CoV-2刺突RBD显示在酵母细胞表面。Bloom实验室利用该文库识别不干扰ACE2结合,但影响特异性抗sars - cov -2抗体识别的RBD突变(图1B)。这种方法可以通过快速评估抗原漂移来加强病毒监测。

找到SARS-COV-2 Spike RBD DMS库!

Starr等人细胞。2020。https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.012

Starr等人科学。2021。https://doi.org/10.1126/science.abf9302


用于氨基酰基TRNA合成酶的验证的重组抗体工具箱

经过凯特哈滕

靶向14个氨基酰基合成酶(AARS)的重组抗体已经创建,其特征,并由其验证格拉德实验室。最近的研究结果表明,AARS参与炎症和自身免疫性疾病,因此可以使用这些经过验证的抗体工具来研究AARS在这些过程中的作用。

为了创建抗体工具箱,他们使用合成的人scFV库筛选候选抗体,并通过ELISA、均质时间分辨荧光和悬浮珠分析对其进行了表征(图2)。在发现没有交叉反应后,抗体候选进行了亲和筛选,以选择慢速率的结合剂。使用HEK293细胞裂解液,通过IP-MS对最佳候选抗原进行了验证。由于许多aars存在于一个多trna合成酶复合体中,该团队研究了产生的抗体是否可以结合这些aars。他们发现这些抗体能够在三种不同的细胞系中免疫沉淀整个复合物。Gräslund实验室计划继续他们的工作,为额外的氨基酰基tRNA合成酶产生抗体。

得到重组抗体质粒!

特异性筛选结果绘制抗原和粘合剂
图2:SCFV的特异性结合通过悬浮珠测定测量的通过悬浮珠测定来了解AAR抗原。图片来自PREGER等人。,2020。

PREGER等人。,生物化学杂志2020。https://doi.org/10.1074/jbc.ra120.01289


新型蛋白笼在酵母生物生产途径中提供了简单的酶保护

经过Gabrielle Clouse.

Claudia Vickers的实验室通过使用鼠多马卡韦病毒样颗粒(MPYV VLP)创造了一种用于将酵母中的蛋白质传送的新型纳米组分。这种人工纳米粒子可以保护蛋白质免受细胞中不利的相互作用,通过稳定速率限制酶来改善生物合成途径产率。在该方法中,主要衣壳蛋白VP1与含有VP2C的融合蛋白和感兴趣的蛋白质(POI)共表达。VP2C融合蛋白锚固到VP1,其自组装成包装感兴趣蛋白质的隔室(图3)。

主要胶囊蛋白和货物蛋白的表达导致两种蛋白质组分的自组装以形成组装的VLP。
图3:MPYV系统的示意图。来自Cheah等人的图像。,2021。

通过监测GFP降解验证该方法后,该蛋白质隔室用于优化D-葡萄糖生物合成。该MPYV系统封装了该途径(肌醇氧氧酶)中的速率限制酶,提供酶保护,同时仍然允许基材和产品可自由进出蛋白质隔室。酵母用这种包封的酶产生20%的D-葡萄糖酸,表明MPYV系统可以通过包封单一酶来改善代谢途径产量。与先前的研究相比,需要蛋白质隔室在反应途径中将多种酶共定位,MPYV系统提供了一种简单,有效的方法,用于保护驱动生物合成途径的单一酶。

看看纳米组分质粒!

Cheah等人。,Biorxiv 2021。https://doi.org/10.1101/2021.01.30.428974


Crisprcler

经过云顶娱乐 韦德国际

以下是近期CRISPR质粒的一些亮点。要找到Addgene提供的所有CRISPR质粒,请访问我们的CRISPR质粒和资源页面

  • 一个新系统使用灯去激活光纤维可释放的GRNA.在几秒钟内。
  • 一种基于CRISPR的谱系追踪工具捕获含量为0.001%的人口的克隆。
  • 由于Cas9的indel生成可以以稳定的速度发生,因此科学家发现了一种使用embel累积来测量时间的方法。这些具有不同启动子的质粒驱动Cas9的表达在这项研究中使用。
  • zcas9i克隆套件是一种植物克隆试剂盒,其包含一系列载体和DNA模块,用于组装CRISPR / CAS9构建体。ZCAS9i是一种高效的内含子优化的SPCAS9编码基因。
  • Slugcas9.是一个紧凑的Cas9 Ortholog来自葡萄球菌Lugdunensis.识别出NNGG PAM并对SACAS9具有可比的活动。
  • 一个新的酵母诱导克里普利图书馆- SAMP133目标S.酿酒酵母每种基因具有6-12个引导基因的基因,其中通过无水四环素诱导GRNA表达。
  • 三个新的防克隆被确定抑制了S.金黄色葡萄球菌Cas9,一种较小,更容易递送的CAS蛋白,但到目前为止鉴定了很少的抑制剂。


来自病毒服务的新增功能

经过Jason Nasse.

我们经常从我们的质粒收集中添加新的病毒等分试样提供即用型病毒准备。以下是最近几个月的一些新病毒准备方法:

  • 轴突瞄准Gcamp6f.来自林天的实验室可以使用Serotype AAV1。
  • 来自Janelia F伟德BV下载arm的GCAMP8病毒载体Genie项目已经到了!我们现在提供几个版本GCAMP8向量在serotypes aav1和aav5。AAV9 Preps和更多AAV1版本将很快发布。
  • 用一个矢量可视化轴突投影和推定的突触前终端。AAV HSYN Flex MGFP-2A-Synaptophysin-MrabyLiqun Luo的实验室表达膜束缚的GFP以增强轴突标记和突触球蛋白标记的MRUBY,以丰富突触前标记。现在有血清型AAV1!
  • 新的intersite病毒准备可用!我们正在扩展我们的库存准备使用病毒准备Deisseroth Lab.intersect项目。我们现在有40多个intersent 2.0.项目向量可用作现代化的病毒准备,并在途中提供更多。
  • S5E2含有载体的调节元素jordane dimidschsteind实验室在含有皮质蛋白含有皮质型中间核中的帕瓦内酒中选择性地提供表达。我们现在提供与此启动子表达GCAMP6F的即用AAV向量。PV Interneurons中的图像钙瞬变AAV-S5E2-GCAMP6F现在可以作为血清型AAV1的即用的病毒准备。
  • 将树突神经胶质与表达细胞质靶向TDTOMATO的AAV载体和突触前靶向突触前突出的EGFP中的突触载体。AAV phsyn1(s)-flex-tdtomato-t2a-sypegfp-wpre鸿奎曾的实验室现在可以作为血清型AAV1的即用型病毒准备。
  • 突触针对GCAMP6S.来自Rylan Larsen Lab.现在可以在即用的AAV5病毒载体中获得。突触蛋白标记的GCAMP6S富集在预突触终端中,为微结构中的成像钙动力学提供更好的发出信号。
  • 我们扩展了我们的重组酶依赖病毒选择,现在包括FLP依赖的Dreadds伟德BV下载病毒载体。来自Gether Lab的抑制和兴奋性令人兴奋剂现在可以作为血清型AAVRG的即用AAV载体。

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话题:热质粒质粒

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