从黄石温泉的恒温褐色肌法分离的幕后幕后

由克里斯蒂娜妈妈

2008年Quake Lab.在斯坦福大学的大学探索生物暗物质 - 大片的微生物树的大型生命之地仍然是未探索的。使用新的单细胞测序方法,实验室能够消除对轴酮(纯)实验室培养物研究这些微生物的需求。从16S rRNA测序,已知热弹簧是多样性热点含有丰富的生物暗暗物质,因此该实验室组织了一个抽样之旅黄石国家公园(YNP)。

极癣-生活在极端物理和化学条件(如YNP热部位)的系统源性多样性微生物 - 由于它们以前产生了有价值的酶,因此是实际兴趣的。着名的,Taq聚合酶 - 来自Thermus Aquaticus.在YNP在八达通温泉中发现了细菌,从那时起,许多研究人员已经搜索了这些极端环境的新型生物和酶。

在温泉的样品收集中加强样品

将伏特添加到汽车电池黄石采样我的老公,Paul Blainey.,此时,Quake实验室的发布文档,自愿做的采样,我很高兴同意举行次年陪他到YNP。Geoff Schiebinger,另一个Quake Lab成员加入了一半的旅行。提前筹备工作包括联系YNP工作人员安排许可证访问公众无法访问的地方,并用冰箱与充电器连接的冷冻机和两个深循环电池进行改造,因此样品可以在收集后保持冻结。

9月份,随着天气开始在8,000英尺的海拔地区的天气变得寒冷,我们抵达YNP。由于3,471平方英里大小的YNP,花了一些时间来映射到达所有偏远地区的路线,包括一个需要一夜之间徒步旅行的温泉。

导航挑战:收集和加工环境样本

由于这些温泉周围的高温和不稳定的地面使它们非常危险,我们使用伸缩杆从远处收集水样。在每个收集站点,我们使用热枪进行GPS坐标,水温读数和pH测量。我们收集了小水和沉积物样品,以乙醇和/或甘油稳定它们,因为没有普遍的培养或长期稳定的普遍性条件。

在黄石温泉的样品收集整天徒步旅行,晚上加工样品很有趣,但也很累。在露营地使用微型管和手套感觉有点奇怪。这是令人兴奋的 - 一晚,而试图在黑暗之前在野餐桌子上处理样品,野牛徘徊在我们的露营地。我们不得不放弃我们的样品并在比野牛蜿蜒的地方越来越远。最后,我们能够安全地返回我们的实验室工作。

野牛徘徊在露营地留下样品

保罗和阿纳斯塔斯(Potanina)Neddersen以16S rRNA基因测序的表征少量样品,显示出许多“暗物质”的存在。Anastasia持续探讨样本,多年来几年后,在地震实验室中发起了几个完整的基因组测序项目。

识别IgnaVicas9,一个超热的Cas9

今年,了解由Postdoc博士的一个项目斯蒂芬妮·施密特领导的一个项目不仅产生了部分组装的基因组,而且还导致了从较低间歇泉盆地中的山脉春天的样品中的一种新的CREP酶。

他们使用过使用微流体并行化的迷你缩放方法方法序列该高度复杂的温泉样品。将样品分离成较小的5-10个细胞的样品,用于测序,允许具有更高的产量和严格组装的复杂性。在那里,他们发现了一个CISPRM阵列可怕的杆菌字段基因组。

伊格拉维加斯9.是一种高温Cas9 CIS9 CIRPR核酸酶,其高达100°C。IgnaVicas9蛋白是1,241个氨基酸长,具有22-25nts的最佳SGRNA间隔物长度,并且在31-100℃之间热稳定。

他们发表了他们的发现生物XIV文章和在pnas.

之前的另外两种热稳定Cas9酶的特征在于:Geocas9.来自Doudna Lab.暖和温度计来自van der oost实验室。系统发育比较表明,像地质群和热量罗瓦斯一样,IgnaVicas9是II-C类Cas9。IgnaVicas9与II-C类型最相似Cas9来自Parvibaculum laventivorans.,谁的最佳的生长温度为30°C

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你能用argavicas9做什么?

为什么热稳定的Cas9是有用的?它可以使试剂必须在升高的温度下储存的应用,并且在需要CRISPR核酸酶活性的时间和工作流程中,可以通过灵活地部署IGGAVICAS9来节省时间或协议步骤,而不担心其在恶劣条件下的稳定性。发表的一个示例申请是去除细菌RNA-SEQ中的16S rRNA的不需要的cDNA。这为感兴趣的成绩单丰富而不会增加议定书中的步骤数量。IgnaVicas9的令人难以置信的热稳定性使得酶特别有用。

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