由SnapGene驱动的改进质粒图谱

泰勒福特

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在会议中,在Twitter上的调查 - 我们有一件事从我们的用户中听到了一件事:“请改善您的质粒地图!经过深思熟虑的设计、审查和调整,我们很高兴地宣布,我们的质粒和序列显示现在由GSL生物技术公司提供动力SnapGene服务器软件。在SnapGene的序列查看软件和广泛的特征库的支持下,我们更新的质粒和序列显示现在更容易解释和分析一眼。为了快速了解事物有多大的改进,请看下面的例子。我们的旧地图在左边,而SnapGene驱动的地图在右边(点击此处查看新地图。继续阅读以了解更多关于我们实施的改进以及它们如何让您更容易找到所需的质粒。在此初始发布后,我们将在此初始启动后进一步监控和改进地图,以便保持调整以获取更多更新。

snaphgene质粒图snaphgene质粒图

SnapGene动力质粒图在Addgene的概述

三个因素使得我们的SnapGene驱动的质粒图谱更容易导航。这些实用有效的改变将使你能够快速找到你需要的特征质粒。

  1. SnapGene的特征库SnapGene的软件可以无缝识别多种常见的质粒特征,比如抗生素抗性基因、可选择的标记、启动子起源标签和某些orfs。它们复杂的检测算法容易且精确地识别不同少核苷酸的质粒特征,例如荧光蛋白EGFP和MEGFP。伟德2021足球欧洲杯买球平台其中许多功能,如Cas9.没有被我们的内部软件检测到。事实上,SnapGene的特性库包含的特性几乎是我们内部软件所能检测到的特性的三倍,而且还消除了许多混杂在我们旧的质谱图上的无关的orf。

  2. 明确注释的特征,酶和引物 -新地图具有直接标记在其上的大多数功能的身份,使其更容易快速识别。

  3. 改善限制酶处理 -Snapgene的软件位置限制性内切酶在位置的整个地图上的注释更好地对准质粒内的精确位置。可以检测的酶列表比我们先前的映射软件大5倍,现在包括常用的IIS限制酶,其通常用于金门克隆或用于CRISPR GRNA克隆。

通过这种功能展示,您可以开始思考您的下一个克隆实验早期。

Scangene地图下载图像除了这些简单但强大的显示改进之外,当您单击任何质粒图时,您还可以下载静态图像文件(PNG,见上文)以供您自己的参考或直接粘贴到您的笔记本中。这将使您更容易与同事共享质粒信息,或者当您不在您的计算机时向实验室成员解释质粒特征。

地图,序列,可下载的。gb和。dna文件

Scange映射查看所有序列一旦你确定了你想了解更多的质粒,更新我们的序列分析仪将允许你深入到细节。点击“查看所有序列”按钮来查找所有可用的序列信息Addgene储户以及我们自己的测序结果:

Syngene全部和部分序列在此页面上,您可以下载注释基因库文件或一个SnapGene文件,用于列出的序列。然后,您可以在您选择的序列查看器中分析序列。如果存款人提供了自定义注释的GenBank文件,可以在主质粒页面的“资源信息”部分找到。

分析你的质粒序列

对于更直接的高级别分析,您可以直接在“分析序列”按钮上单击以提出由Snapgene提供支持的交互式质粒贴图,并获得访问其他工具提示信息和序列分析选项卡,包括:

  • 地图互动地图- 01. - png

    • 在单击“分析序列”按钮后,这是您将降落的第一个选项卡。托管的地图保留了上面讨论的静态地图中显示的所有功能,但也具有交互功能。您现在可以悬停在任何特征,酶,底漆或ORF上,以了解有关它的更多信息。例如,如果你悬停在氨苄青霉素上抗性基因,您会发现基因的全名,其基因产物的名称,以及其功能的描述。您还可以单击质粒中的一个位置,然后单击一个位置,然后选择第二个位置以在两个位置之间选择序列,并将其发送到剪贴板以进行复制和粘贴功能。
  • 序列序列-01.png.

    • 与质粒图类似,这里的线性序列现在是相互作用的,具有类似的悬停特征。与map选项卡一样,在线性序列中单击两个独立的位置选择两个位置之间的序列并将其发送到剪贴板进行复制和粘贴功能
  • 限制性内切酶enzymes.png.

    • 在这里你会发现一张限制酶的表格,它可以切断给定的序列。这个表包括酶的名称,酶将切割的位置(以碱基对为单位),以及它们切割的总次数。使用右边的过滤器找到单刀,双刀和3+刀。您还可以通过单击列标题对酶进行排序。在这里点击一个特定的限制性内切酶也会在“地图”和“序列”标签中突出显示它。
  • 特性Features2.png

    • 在此发现的表列出了质粒序列中检测到的常见特征。该表包括要在地图上指示它们的特征名称,位置,大小,颜色,方向(如果相关)和类型。列出的类型是标准Genbank功能类型。单击此处的特定功能还突出显示“地图”和“序列”选项卡中的功能。
  • 引物Primers.png

    • 此选项卡包含列出在给定核苷酸序列中检测到的常用引物的表。该表包括引物名称,序列,绑定站点位置,长度和方向。单击此处的特定绑定还将其突出显示在“地图”和“序列”选项卡中。
  • 爆破

    • 通过NCBI网站使用基本局部比对搜索工具(BLAST)确定给定序列与核苷酸(BLASTN)或蛋白质(BLASTX)序列数据库之间的相似性。此外,使用BLAST2将自定义的核苷酸序列与给定序列进行比对。请看这篇博文用爆炸来验证质粒的提示
  • 分析仪指南

    • 上面列出的所有标签的快速指南及其功能。

我们希望这些更新将使浏览存储库更容易,并快速确定您需要的质粒和功能,为您的下一个实验。我们想要感谢您(我们的科学家社区)对这些变化的建议,以及SnapGene和Addgene软件开发团队为实现这些改进所做的不懈努力。请在下面的评论部分告诉我们你对更新的看法,并继续查看www.a-flash.com有关其他增强功能,请进一步改进地图显示和功能。

话题:加等新闻使用Addgene的网站

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