用于学习C. Elgans的开放式资源和质粒工具

由Alyssa Cecchetelli.

C. Elegans.社区一直强调开放科学和合作的必要性。该领域已经为科学家提供了全面的参考页面和整理过的数据库,包括Wormbook.Wormatlas.蠕虫比。科学家们一直连续分享他们的蠕虫菌株摘要遗传学中心(CGC)维护和分销世界各地的菌株。

当我在第22届国际赛时C线虫会议,我再次提醒了这一定程度C线虫研究人员拥有开放式科学和股票资源和工具。该消息完全举例说明Cori Bargmann.关于Crisprop技术的主题演讲和研讨会,有条件表达和劣化的新工具。这些研讨会不仅突出显示了新工具,还包括问题的时间以及对不同实验的最佳策略和协议的讨论。

在本博客中,除了在Addgene提供的有用质粒和工具包之外,我们还能查看会议上讨论的一些其他开放资源。

Cefelarys.

C线虫开放资源

C. Elegans.神经元基因表达图&网络(康宁)

Cengen目标是建立每一个综合基因表达阿特拉斯C.ELEGANS.神经元。科学家目前正在使用两种方法进行这两种方法:单细胞RNA测序以鉴定来自每个类的神经元类和神经元的深度测序,以完全表征转录组。康纳的第一个数据发布计划于2019年8月15日计划。有关的更多信息Cengen的目标和方法,查看他们的出版物。

3'UTROME.

mRNA的3 ' utr在转录后调控中起重要作用C. Elegans.。为了研究3'UTR的作用,亚利桑那州立大学(ASU)生物设计研究所专门开发了一个3'UTR数据库C. Elegans.。此数据库提供有关的详细信息C. Elegans.3 ' utr结构,所有编码mrna的蛋白的选择性聚腺苷化,以及从其他数据库中提取的注释(Mangone等人,2008)。

OpenWorm

露珠是一个创造的开源项目第一个计算机虚拟生物”该项目为蠕虫社区提供了各种资源,使人们更容易查看和探索蠕虫。这些资源包括打开虫浏览器,允许您逐层查看蠕虫的解剖结构neuoml.C. Elegans.Connectome,一个模型C.ELEGANS.神经网络,和丝虫,一种流体力学模拟器,可用于模拟肌肉组织,因为它适用于C. Elegans.运动。要查看OpenWorm中包含的其他资源,请查看OpenWorm网站。

MicroPublication.

微出版物是一个独特的出版物为蠕虫社区,人们可以发表简短的小说发现。这些结果通常是一个数字,可以是阴性的,甚至可以是重复的研究来显示可重复的结果。对于科学家来说,这是一个很好的资源,他们可以发表那些不适合在大型出版物上发表的、否则就会永远丢失在实验室笔记本上的发现。微出版物经过同行评审,并指定可参考的DOI。此外,microPublications中发布的数据被整理并添加到其他数据库,包括wormbase和flybase。微出版是由蠕虫社区的成员运行和维护,但有果蝇和斑马鱼文章在那里发表。

蠕虫开发动态数据库(WDDD)

WDDD旨在获得所有细胞分裂的定量数据C. Elegans.当所有必需的胚胎基因通过RNA干扰(RNAi)被单独耗尽时。科学家们使用四维对比干涉显微镜和计算机成像处理来监测RNAi的影响。这些方法的结合为发展计算方法提供了独特的机会,以更好地了解动物的发育(Kyoda等人。,2012年)。

C线虫中国人民解放军Addgene的Smid工具

除上述公开资源的财富外,还有许多质粒工具C线虫会议。在这里,我将突出一些我们在addgene上提供的工具包,主要在讨论社区新资源和工具的研讨会上。

用于疾病诱导型降解系统的质粒(援助)

Dernberg Lab.2015年,调整植物中发现的援助系统,以有条件地耗尽兴趣的蛋白质C. Elegans.Zhang等人,2015)。在该系统中,修饰的TIR-1蛋白可以以生长素依赖的方式降解degron-tagged蛋白。这个系统允许科学家在空间和时间上击倒感兴趣的蛋白质。

质粒的cGAL分裂cgal.系统

斯特恩伯格实验室2016年创立了cGAL,这是一种基于GAL-4的双部分表达系统,可以调节基因表达C.ELEGANS.。在这个系统中,启动子控制GAL-4驱动的表达,该驱动可以结合基因上游的激活序列来刺激表达(Wang等人。,2016年)。2018年,该实验室对该工具进行了扩展,将cGAL4一分为二,每一半与gp41-1- n - inin结合。分裂蛋白是一种蛋白质结构域,可以自然地“结合、自行切除并共价连接其侧翼肽(Wang等人。,2018年)。“通过分裂系统,只有具有Cgal两半的细胞可以驱动您感兴趣的基因的表达。

SAPTRAP工具套件用于CRISPR CAS9编辑

在Addgene,我们有整个SapTrap工具包约根森实验室。Saptrap是一种试剂工具包和质粒装配线,用于创建CRISPR靶向载体,每个载体各自包含您选择的指导RNA和修复模板(Schwartz和Jorgensen,2016)。使用SapTrap,这种CRISPR质粒可以在单管中创建。你也可以找到额外SapTrap质粒用于引入在微透明系统中公布的点突变(Schwartz和Jorgensen,2018年)。

这些只是蠕虫社区公开共享的蠕虫资源和工具的一些例子。有关额外资源C. Elegans.和我们在Addgene找到的质粒蠕虫表达资源页面。这个页面是不断策划的,因为我们继续收到为蠕虫设计的质粒,所以经常检查什么是新的和流行的!


参考文献

Hammarlund,Marc等。“康宁项目:整个神经系统的完整基因表达图。”神经元99.3(2018):430-433。PubMed.PMID: 30092212。pmed中央PMCID: PMC6576255

Kyoda,Koji等人。“WDDD:WORM发展动力学数据库。”核酸研究41.D1 (2012): D732-D737。PubMed.PMID:23172286。pmed中央PMCID: PMC3531189

曼格尼,马尔科等。“UTRome。org:线虫3 ' UTR生物学的平台。”核酸研究36.suppl_1 (2007): D57-D62。PubMed.PMID:17986455。pmed中央PMCID:PMC2238901

施瓦兹,马修·L·和埃里克·m·乔根森。“SapTrap,一个用于秀丽隐杆线虫高通量CRISPR/Cas9基因修改的工具包。”遗传学202.4(2016):1277-1288。PubMed.PMID:26837755。pmed中央PMCID:PMC4905529.

Schwartz,M. L.,&Jorgensen,E. M.“Saptrap Vectors,用于引入UNC-119 +选择的点突变。”MicroPublication 1(2018):2-3。

王、韩等。“cGAL,一种针对秀丽隐杆线虫的温度稳定的GAL4-UAS系统。”自然方法14.2(2017): 145。PubMed.PMID:27992408。pmed中央PMCID: PMC5693259

王、韩等。“Split cGAL,一种利用Split inin对秀丽隐杆线虫进行精细时空转基因控制的交叉策略。”美国国家科学院院刊115.15(2018): 3900 - 3905。PubMed.PMID: 29581308。pmed中央PMCID: PMC5899461

张,莲宇,等。“疾病诱导的降解(助剂)系统使C.秀丽隐杆线虫的通用条件蛋白质消耗能够。”发展142.24(2015):4374-4384。PubMed.PMID:26552885.。pmed中央PMCID:PMC4689222

Addgene博客上的其他资源伟德体育中心

在Addgene.org上的资源

话题:科学分享开放的科学蠕虫

留下你的评论

分享科学刚刚变得更容易...订阅我们的博客

订阅