科学家绘制sars - cov -2-人类互动网络图

客人的博客

这篇文章由来自UCSF QBI冠状病毒研究组的Manon Eckhardt和Melanie Brewer。

我们对SARS-CoV-2的威胁有了深刻的认识,仅仅几个月的时间。和科学界的许多人一样,我们被激励着去做任何事情,尽我们所能去帮助找到治疗方法——而且要快。通常,药物的发现过程需要数年时间,花费数百万甚至数十亿美元,但通过从一个新的方向着手,我们希望能更快地完成它。

多年的科学研究,几周就能完成

实验室里的四名科学家正站在实验室的长凳之间,手里拿着一箱箱装着将要运出的质粒的包裹
图1:在一天内发送80个联邦快递信封——同时保持社交距离。从前到后:David Gordon, Jeff Guo, Fengbo Zhou, Paddy O 'Leary (UCSF)。

我们的方法是发现可靶向的关键人类蛋白(希望通过现有的安全、有效且已获fda批准的治疗方法)。这是一项艰巨的工作,但在领导下妮娃Krogan在加州大学旧金山分校,我们汇集了来自20多个实验室的科学家组成的网络QBI冠状病毒研究组为了做到这一点。

在不到一个月的时间里,我们出版了文章BioRxiv描述了一个全面的SARS-CoV-2病毒-人类相互作用网络,其中我们在人类细胞中表达了29种SARS-CoV-2病毒蛋白中的26种,并使用这些病毒“诱饵”蛋白来捕获与病毒相互作用的人类“猎物”蛋白。结果,我们鉴定出332种病毒在细胞内相互作用的人类蛋白质。因为病毒在其生命周期中依赖于人类蛋白质的帮助,识别这些SARS-CoV-2的潜在人类助手(特别是那些可用药的)是我们的战略的关键一步,这是对病毒劫持人类细胞的治疗性钳子。更棒的是,超过一半的打击这些蛋白质的药物已经被fda批准或已经在临床试验或临床前研究中。我们正在与巴黎和纽约的合作者一起,追踪这些线索。

我们希望你们加入到抗击冠状病毒的斗争中来

我们刚刚开始了解SARS-CoV-2如何与人类蛋白质相互作用。例如,我们在第一项研究中使用了HEK293T细胞,但我们计划很快扩展到其他类型的细胞,包括更多的生理相关系统,以捕捉所有重要的相互作用。确定我们在图谱中发现的人类相互作用者是否对病毒复制有影响也很重要。当我们和我们的合作者开始这些实验时,还有很多事情要做,我们可以利用整个科学界的帮助。你可能是下一个加入全球抗击SARS-CoV-2的科学家。由于我们都在不同方面受到了大流行的影响,很明显,我们必须团结起来(相距6英尺),共同抗击新型冠状病毒。

为了帮助你开始,这里有一些关键的细节。我们的这组构建包括除Nsp3和Nsp16之外的所有SARS-CoV-2病毒蛋白,并包括病毒蛋白酶Nsp5的催化死亡版本。我们的集合还包括一个作为控件的GFP构造。为了便于携带,所有病毒基因都被EcoR我和BamH我限制网站-所以克隆项目应该是有趣和直接的。所有结构物都带有2xstrep标签,便于检测和亲和纯化。所有但有一个是在pLVX矢量背景下吗,如果需要的话,你可以把它们打包成慢病毒载体。伟德BV下载此外,他们还有一个IRES-Puro标记,以促进稳定的细胞克隆选择。表达由一个相当强的ef1 α启动子驱动。我们已经通过Western Blot对25种构建物进行了正确大小蛋白的表达验证,并通过质谱对其余两种病毒蛋白的表达进行了确认。只有Nsp11的运行比预期的大,Orf7b在我们的研究中提供了很多背景信息-所以你可能想要小心这些克隆(并帮助我们弄清楚那里发生了什么!)

找到克罗根实验室SARS-CoV-2质粒

(注:Nsp6结构正在进行QC,很快就可以使用了。注册电子邮件提醒克罗根实验室的Addgene页面得到通知!)

攻击冠状病毒,一次一个联邦快递包裹

自从我们的论文发表以来,我们的团队被要求与其他研究人员分享我们的质粒的请求淹没了。我们很高兴看到如此多的兴趣,因为这意味着更多的科学家将更快地研究这个问题。

成堆的联邦快递信封包裹放在实验室的长凳上
图2:在UCSF的克罗根实验室里,有一排联邦快递(FedEx)的信封等着寄出。

我们的团队成员(喊出玛格丽特•Soucheray杰夫•郭Paddy奥利里Fengbo周,海琳Foussard,和戴夫·戈登)相当繁忙的航运和发送质粒为所有请求的人——在世界各地的位置,遥远如欧盟、俄罗斯、印度和沙特阿拉伯,以及在美国和加拿大离家更近的地方。事实上,我们收到了如此多的申请(175份,还在不断增加),以至于我们一度用完了联邦快递的供应品,不得不向加州大学旧金山分校的其他实验室求助(QCRG网络又来拯救我们了!)此外,我们必须提一下,我们的联邦快递员是最棒的:谢谢你,托德!

正如你所能想象的那样,这也是一个让人头疼的管理问题:不断接收电子邮件请求,并在共享的电子表格中手动跟踪它们的完成情况,这占用了我们的研究时间。由于所有这些原因,QCRG很高兴与Addgene合作,Addgene将接管分销,以更快地扩大科学家的工作网络。

如果您想了解我们在QBI或QCRG所做的工作,继续致力于COVID-19治疗,请务必在Twitter (QBI_UCSFKroganLab),Instagram,脸谱网

在Addgene*找到更多COVID-19和冠状病毒相关质粒和资源


侬ruth头像梅勒妮啤酒头像

非常感谢来自加州大学旧金山分校的客座博主Manon Eckhardt(左)和Melanie Brewer(右)。

Manon Eckhardt和Melanie Brewer是UCSF QBI科学传播团队的成员。他们特别感兴趣的是促进合作科学,并使它为所有人,而不仅仅是科学家!

*如果您需要用于冠状病毒或COVID-19研究的质粒,请发送电子邮件至Addgenehelp@addgene.org与您的订单号,所以它可以优先。

分享科学变得更容易了……订阅博客

主题:19463331伟德体育 ,质粒,新型冠状病毒肺炎

留下你的评论

分享科学变得更容易了……订阅我们的博客

订阅