可搜索和可排序的GRNA为您的下一个CRISPR实验

在妮可Waxmonsky

本文由Addgenies Brook Pyhtila和Nicole Waxmonsky共同撰写


Bluegene请求gRNA存款资源共享缩短了从规划执行实验所需的时间。在Addgene,超过120个实验室已经存放CRISPR试剂,包括许多含GRNA质粒(McDade等,2016年)。这些质粒中包含的许多gRNAs已在同行评议的文章中成功使用。如果你用CRISPR瞄准你最喜欢的基因,使用这些经过验证的gRNA可以节省你制造和测试全新gRNA设计的时间。您现在可以很容易地找到许多验证的gRNAs在我们的新策划验证gRNA目标序列表

什么是验证的grnas?

适当的目标选择和GRNA设计对CISRPR实验至关重要。选择过程通常是耗时的,无法保证所选序列将产生有用的GRNA。或者,您可以选择已经显示在CRISPR实验中的目标序列。

Addgene致力于资源共享,这使得我们开发了一个可搜索和分类的数据表,包含验证过的gRNA序列。这里的Validated指的是表中列出的每个gRNA都在已发表的文章中得到了有效的使用。这篇博文将作为使用我们验证过的gRNA目标序列表的指南。

免责声明gRNAs的功效受到目标位置,目标序列和模型系统的影响。即使已经证明了GRNA在您的系统中工作,值得花费时间测序基因组靶标以确定是否存在任何序列变化(例如SNP)。此外,考虑测试针对同一轨迹的多个GRNA,以确保其效果特定于该基因座。

经过验证的gRNA表中的数据来自科学家提交的文件,或者是他们存放的文件GRNA质粒或提交a电子表格单独含有验证的GRNA序列。欢迎序列提交用于未从质粒产生的验证的GRNA。例如,如果您更喜欢将您的CRISPR组件提供RNPS(核糖核蛋白)因此通常会转录你的grnas在体外,您可以向我们发送您的有效GRNA的序列,并将它们添加到此列表中。

在这里访问提交gRNA序列的电子表格。

经验证GRNA表的特征

已验证的GRNA序列可及数据你可以访问该数据。目前的表柱是靶基因,物种,序列,腺体质粒ID(如果我们有与GRNA相关的),应用,CAS9种,PubMed ID和沉积仪。CRISPR应用程序我们目前拥有数据:剪切,激活,干扰,可视化,缺口,净化,标签,脚手架,Crispr-Display,和dcas9-foki。

这张表都是可供选择和可搜索这可以帮助排除您不感兴趣的数据。您可以在数字列的情况下使用DataTable标头中的Carats进行按字母顺序排序或按升序排序。

可搜索任何列中的数据,您可以按任何部分搜索。例如,输入'C. Elegans.', 或者 'elegans.'会过滤表格显示C. Elegans.GRNA序列。您还可以通过单个空格分隔的多个关键字过滤,以获得更具体的。例如,为了显示用于在人类系统中激活的GRNA,搜索“SAPIENS激活”以过滤该表,并确切地找到您正在寻找的内容。

搜索已验证的GRNA序列DataTable

使用以上红色突出显示的框进行搜索。在搜索时,值得尝试替代名称,特别是对于基因名称。

如果您发现一个适用于您的实验的序列,建议您在原始出版物中确认详细信息和最终实验结果。当您开发并确认新GRNA时,请考虑提交他们的序列和质粒!),这样这个共享资源就可以继续增长。


这篇文章由Brook Pyhtila和Nicole Waxmonsky共同撰写。

参考文献

McDade J, Waxmonsky NC。通过资源共享可获得的新兴CRISPR技术。在新闻。

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