分享您的实验协议:使用应用程序节省时间和跟踪您的实验

由卡洛琳LaManna

最近我了解到了addgene的pLKO。1克隆协议被浏览约3000次每一个月。我看了看这向上在尝试新产品之后协议。io测试平台用于共享、注释和存储生命科学协议。自从2006年12月我们开始在Addgene网站上分享这个协议pLKO。1-TRC克隆载体(由Broad研究所的David Root保存)一直是库中最常被请求的质粒之一。我想知道有多少科学家对这个质粒使用过协议,它是否还在使用。在了解到它的持续流行之后,我认为这个协议将是对协议的第一个有价值的贡献。io社区。使用在线应用程序共享协议Addgene

我说过这个协议在全世界都在使用吗?在过去的一个月里,美国、中国、印度、加拿大、英国、韩国等地的用户都观看了这款游戏。

看看Addgene如何考虑开发实验室管理软件

组织和共享您更新的协议

这很好,但如果有人在中国改进了这个协议呢?那其他成千上万的科学家呢使用pLKO。1变种了解这些更新吗?这是许多科学家都在努力解决的问题,甚至在他们自己的实验室里也是如此。那么,分享这些进步的最佳方式是什么呢?你可以发表一篇碰巧包含你的改进的论文,或者甚至是一篇关于方法的论文。这样做的问题是,在发表之前,你的手稿可能需要几个月的时间才能得到审查和编辑,这将推迟你改进后的方案的传播。

许多科学家、出版商和小型初创企业正在转向软件应用程序,以解决我们对更快速、更有效地更新和传播实验协议的需求,同时允许科学家积极地评论、注释和编辑协议。在我介绍了礼仪之后。I,我决定研究一下科学家们还有哪些其他的在线(或移动)工具可以用来组织和分享他们的科学协议。以下是一些有前途的选择,可以让你的实验室开始:

7种方法在线分享你的实验协议

addgene.

网站:http://www.addgene.org/

如果您正在使用质粒并决定使用Addgene的存储库共享它们,您也可以共享相关的协议。当您上传质粒信息时,您可以选择添加其他文档。通过将您的协议上传到您的质粒页面上,要求您的质粒的科学家在开始他们自己的实验时将很容易地获得您的协议。需要提交更新后的方案吗?给我们发邮件help@addgene.org我们很乐意上传您最新的资源。以下是“补充文件”下列出的质粒和可下载协议的例子:gRNA_Cloning向量(由乔治·丘奇实验室保存)。

Addgene还编目了各种有用的分子克隆方案,包括制作LB琼脂平板,质粒DNA的限制性消化,细菌转化。更多与质粒相关的教育资源可以在我们的质粒101博客系列中找到。

想了解更多关于通过Addgene共享质粒的信息吗?看看所有的好处以及你可以怎么做从我们的存款页面开始

Protocols.io

网站:http://protocols.io/

Protocols.iois the creation of ZappyLabs. Currently in beta testing, the software aims to be a life science protocol repository. The software can be used with the ZappyLabs Bench Tools mobile app (available for iOS and Android). A neat feature of protocols.io is the checklist feature which allows you to check off steps in a protocol as you finish them, turn on pre-set timers for incubation steps, and save the entire process so you’ll have a record of your work. This feature further simplifies lab work if you like to bring your phone in the lab, though, honestly, this still grosses me out. Maybe it’s just me – I didn’t get a smart phone until after I had finished my PhD and left the lab for non-bench work – but is there a sterile, clean way to bring your phone into the lab? Maybe having a dedicated lab-use tablet?

该软件还可以方便地对协议进行注释,使其公开供他人使用,并添加您自己的注释。目前您可以从,OpenWetWare(见下文),现在是Addgene。我刚刚开始上传我们的克隆协议到网站,并将保持你更新,因为我学会使用资源。

OpenWetWare维基

网站:http://www.openwetware.org/wiki/Protocols

OpenWetWare.org (OWW)是一个wiki,它为生物学家和生物工程师提供了一个社区来分享他们的教育材料、协议和课程,也为研究实验室提供了一个空间来创建他们自己的实验室或小组网站。OWW由BioBricks基金会管理,建立在科学家添加和编辑内容的基础上。在Addgene,我们已经推荐了OWW上列出的协议,包括那些准备自己的胜任单。如果您熟悉创建和编辑维基百科页面的过程,OWW将相对容易地开始使用。对于新手来说,格式确实有一个学习曲线,但Oww通过详细的教程播放了进程,易于复制和修改模板(例如,http://openwetware.org/wiki/Protocols/Template)。

自然协议交换

网站:http://www.nature.com/protocolexchange/

自然协议交换(NPE)是一个开放的在线协议库,由自然出版集团主办。和前面提到的网站一样,NPE允许科学家加入实验室或小组,并上传协议与他人分享。该站点允许您对协议进行评论,并创建您最喜欢的协议列表,以供将来参考。该交易所目前拥有超过2500个协议,涵盖各种生物和生物医学主题。

网络协议

网站:http://www.protocol-online.org/

协议在线是早期协议共享网站之一。它是在1999年创建的,允许科学家们贡献协议或提供与自己网站上协议的链接。我们现在不确定它现在正在更新的频率,但是在线协议有一些经典协议,您可能会发现您的研究有用。

Labguru.

网站:http://www.labguru.com/

Labguru是一个好去处,如果你的实验室想要简化你的实验室管理,你想要的工作:组织试剂存储和库存,管理订单,跟踪学生和研究项目,电子实验室笔记本和协议管理。虽然这是一个基于订阅的软件,但Labguru确实为学术实验室、部门、行业等提供了免费试用和定价选项,以满足每个实验室的需求。另外还有一些应用程序-许多可以帮助你在工作台上访问你的协议,保持你的库存在你的指尖,并在你完成最后一种试剂时制作购物清单。尽管共享您的协议仅限于您的实验室小组,但Labguru确实提供了从外部供应商(如Nature protocols和NEB)获得协议的访问。

石英质的

网站:https://www.quartzy.com/

Quartzy是一个免费的基于网络的实验室管理工具,它允许实验室创建账户,在这个账户中,他们的成员可以共享协议,注册共享设备,并跟踪库存和订单。Quartzy为生命科学实验室提供服务,允许公司付费在网站上发布他们的目录,免费为科学家提供服务。和Labguru一样,Quartzy提供的软件设计考虑了科学家的工作流程,可以为您的实验室组织和管理需求提供一站式解决方案。使用Quartzy,您可以与您的实验室伙伴共享协议,但系统似乎没有办法与其他组共享您的协议。

你用什么应用程序来提高你的实验室生产力?

由于这是一个不断增长的市场,我肯定我错过了一些你最喜欢的应用程序。如果你知道我错过的一个软件应用程序,请在下面的评论中告诉我,并留下你对该应用程序如何满足你的实验室需求的想法。

在Addgene,我们将继续创建新的分子生物学教育资源,如协议,质粒101文章的各种质粒特征,和参考表(即抗生素浓度,常用引物)。我们还鼓励科学家在将质粒存入资源库时上传协议。这些协议显示在相关的质粒页上,可以帮助科学家使用这些质粒更多的成功。我将继续在协议中添加一些基本协议。IO应用程序,以便我们所有的研究人员可以轻松地把这些协议与他们的实验室长凳,并感到满意的检查每一步,你辛苦完成你的实验-一个小小的胜利在漫长的道路上,你的科学突破。


更多阅读:



寻找质粒协议?在addgene找到它们

主题:科学共享,再现性

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