CRISPR屏幕的开放式存储库:一个地方的CRISPR屏幕数据

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这篇文章由Crispr屏幕的开放式存储库供稿。

想象一下,你刚刚发现你最喜欢的基因是在CRISPR屏幕出版物中描述的。您可以看到结果部分中提到的,但您必须挖掘补充文件以查看实际数据。现在,您想知道您最喜欢的基因是否包含在其他CRISPR屏幕中,以及该数据是否对您的研究有用。幸运的是,有一个越来越多的CRISPR屏幕数据存储库可能能够帮助您解决。

什么是CRISPR屏幕的开放式存储库?

打开CRISPR屏幕的存储库(ORCS)数据库是一种新的可自由的资源,由此开发生物交互数据集通用存储库(BioGrid)为了增加基于CRISPR的表型屏幕数据集的可访问性。原始发布的CRISPR屏幕数据被策划并存放在BioGrid ORC中,以允许通过生物医学研究人员进行公布的数据查询,并通过计算生物学家准备好访问稳定的大规模数据集。

打开CRISPR屏幕主页库

使用CRISPR屏幕的打开存储库

BioGRID ORCS目前在629个细胞系中包含超过890个CRISPR筛选,每一个都从超过45个出版物中手动整理和标注,从展示了基于CRISPR的细胞系筛选的可行性和力量的重要研究文章开始。通过准确地编译全基因组数据集,这些数据往往在大型补充数据文件中被掩盖,BioGRID ORCS使得研究人员可以查询任何感兴趣的基因的所有公开CRISPR结果。此外,对特定疾病、细胞类型或药物治疗感兴趣的用户可以浏览在相关细胞系或条件下进行的筛选。这不仅使CRISPR筛查结果对整个生物医学研究社区可用,而且还允许交叉询问可能难以识别的不同数据集。

按关键字搜索CRISPR屏幕数据

ORCS中的每个屏幕都通过其PubMed标识符链接到原始出版物,该标识符还可以用于搜索整个CRISPR数据库中感兴趣的特定屏幕。

发布在BioGrid Orcs中

重要的是,每个屏幕的元数据被生物策略策委员会捕获,包括细胞系/组织类型,酶系统,SGRNA库和与筛网结果解释相关的其他细节。作者使用的分配分配和意义阈值的分析方法,以确定每个屏幕的基因命中作为元数据也被捕获。

屏幕结果被报告为作者提供的原始定量基因级别分数而不是SGRNA级序列读取分数。还为用户提供了发布的原始补充数据表。该方法用于与已发布的屏幕解释保持一致性,并允许用户查询屏幕数据,而无需分析原始序列数据。这种格式本质上是灵活的,允许最广泛的屏幕范围策划,例如具有除细胞活力之外的读出的表型屏幕。

以下视频提供了如何使用ORCS的深入散步:

在ORCS中包含您的CRISPR屏幕数据

希望将CRISPR筛选数据纳入BioGRID ORCS CRISPR数据库的研究人员,请联系BioGRID管理员biogridadmin@gmail.com.提交已发表的资料,以便快速审核和上传。除了我们的主网站,所有策划的CRISPR屏幕数据也可以通过全面预编译下载通过一个全功能的REST Web服务API。这两个选项都是完全开放的,没有任何许可限制。

随着CRISPR技术继续开发和多样化,BioGrid ORCS资源将适应各种屏幕格式和上下文,并继续将CRISPL屏幕数据的可访问性提高到各种用户。


非常感谢我们的GioGrids Orcs团队的博主。

生物格栅标志这个帖子BioGrid Orcs团队是一项共同努力。F或更多信息和更新遵循Twitter上的BioGrid和BioGrid ORCS@biogrid

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